מדיניות הרשויות בישראל בעניין מחלת הכלבת נקבעה על-ידי השלטון הבריטי ב-1934, באמצעות פקודת הכלבת. הפקודה נותרה ללא שינוי ניכר למרות השינויים הרבים בשטח. שכיחות המחלה פחתה כבר בשנות ה-70, עוד בטרם פותחו חיסונים יעילים לחיות בר. ב-1999 נפתחו בארץ מבצעי חיסון נרחבים באמצעות פיתיונות המפוזרים מהאוויר. המבצעים מתחדשים מדי שנה למרות ויכוחים מתוקשרים על התקציב. אמנם, בהיעדר מדיניות חיסונים אזורית, הכלבת ממשיכה לחדור לישראל (בשנת 2015 אובחנו בגליל ובגולן 27 מקרים בחיות, ומגמה זו ממשיכה השנה: 11 מקרים עד כה).

לפי פקודת הכלבת, יש "להשמיד כל בעל-חי" הנגוע בכלבת או שהוא חשוד בכך. די בכך שננשכה חיה על-ידי שועל וכדומה, כדי להפוך אותה לחשודה בכלבת ולראויה להרג. מנהל השירותים הווטרינריים רשאי להכריז על "אזור נגוע בכלבת" ואז מצווים הווטרינרים הממשלתיים להרוג שם כל כלב שמסתובב חופשי ללא מחסום, כל כלב ללא רשיון, וכן חיות שידוע כי ננשכו. וטרינר ממשלתי רשאי לצוות להרוג כל כלב בן יותר מחצי שנה אם לא חוסן נגד כלבת, ולהרוג כל חיה שאינה נמצא תחת חסותו ("בעלותו") של אדם.

פקודה הכלבת מחייבת להכניס חיות שנשכו אדם לבידוד "למשך עשרה ימים מיום תחילת המעצר." זאת אף על-פי שיתכן כי המעצר החל ימים רבים לאחר הנשיכה, והתסמינים כבר היו מתגלים אילו הייתה החיה נגועה. הצעות חוק שנועדו להצמיד את ימי הבידוד למועד הנשיכה במקום למועד המעצר, הוגשו מספר פעמים בשנים האחרונות, וקידומן התעכב שוב ושוב. ההצעות נועדו גם "לצמצם את מספר המקרים בהם יוחזקו כלבים בבידוד, כאשר הנסיבות מצביעות על היעדר הצדקה לכך. כך, למשל, אין הצדקה להחזיק בבידוד כלב שמחוסן נגד כלבת, באזור שאינו נגוע בכלבת ושלא ננשך בידי בעל-חיים אחר."

סעיף אחר בפקודת הכלבת קובע, שאם החיה אינה נגועה בכלבת, ואיש לא בא להוציאה במשך חמישה ימים מתום תקופת המעצר, מותר לרשות להרגה. גם את הסעיף הזה מבקשות הצעות החוק למתן, בהתאם להוראות החוק להסדרת הפיקוח על כלבים, התשס"ג–2002, שלפיהן יש למסור את הכלב לאימוץ, ורק אם הדבר אינו אפשרי, מותר להמיתו.

פקודת הכלבת מותירה שיקול דעת נרחב לרשויות "ליתן צו להשמיד בלא תשלום פיצויים כל כלב, חתול או קוף, אשר נשכו אדם יותר מפעם אחת או שלדעתו הם משתוללים או צפויים במידה יתרה להידבק בכלבת ולהעבירה." כיצד קובעים, האם חיה כלשהי "צפויה" להידבק בכלבת אין החוק מגלה, והוא נותר אפוא פרוץ לפרשנות המקלה להרוג חיות שמהוות "מטרד" עבור מישהו, ללא כל קשר לכלבת.

נציגי הרשויות (שוטרים, וטרינרים ממשלתיים ועוד) רשאים לפרוץ לכל שטח או בניין כדי לאכוף את פקודת הכלבת, כולל תפיסת החיות השוהות במקום לצורך הובלתן לבידוד. החוק אינו מאפשר לתבוע את הרשויות או את נציגיהן על כל מעשיהם במסגרת פקודת הכלבת, בתנאי שפעלו "בתום לב" — פרצה נוספת בחוק, שמאפשרת לנציגיו לתפוס חיות (כדי למכור אותן, למשל) מבלי לשאת בעונש. לעומת זאת, אזרח פשוט שאינו מציית לפקודת הכלבת צפוי למאסר עד חצי שנה או לקנס.

פקודת הכלבת
פעילות בכנסת לתיקון פקודת הכלבת
על פקודת הכלבת באתר אנונימוס
דיווח על מקרי כלבת בישראל